Задание отборочного этапа хакатона «БиоЛаб»
В качестве отборочного задания необходимо охарактеризовать гены
глиоксилатного цикла любого эукариотического аэробного организма
сиспользованием общедоступных биоинформатических инструментов и предложитьпротокол по изучению вариативности данных генов
in vitro.
Подзадачи:
1. Какое количество генов участвует напрямую в глиоксилатном цикле и какие продукты они кодируют.
2. In silico часть
2.1. Определите количество каждого гена в геноме выбранного объекта указав его локус с координатами на хромосоме.
2.2. Выберите любой ген глиоксилатного цикла и определите вариативность его аннотированных последовательностей.
2.3.Проведите множественное выравнивание аминокислотных последовательностей продукта, закодированного данным геном.
2.4.Смоделируйте белковые структуры всех вариаций и установите в них
структурно-функциональные домены.
3 In vitro часть. Предложите протокол процедуры для изучения вариативности выбранного гена в популяции.
4 Опишите какую роль гены глиоксилатного цикла играют в жизнедеятельности организмов, как можно использовать вариативность данных генов в селекции устойчивости растений.
Ссылки:
КРИТЕРИИ ОЦЕНКИ
1. Целеполагание
Максимум, который может набрать команда за выполнение отборочного этапа - 100 баллов