В качестве отборочного задания необходимо охарактеризовать гены

глиоксилатного цикла любого эукариотического аэробного организма

сиспользованием общедоступных биоинформатических инструментов и предложитьпротокол по изучению вариативности данных генов

in vitro.

Подзадачи:

1. Какое количество генов участвует напрямую в глиоксилатном цикле и какие продукты они кодируют.

2. In silico часть

2.1. Определите количество каждого гена в геноме выбранного объекта указав его локус с координатами на хромосоме.

2.2. Выберите любой ген глиоксилатного цикла и определите вариативность его аннотированных последовательностей.

2.3.Проведите множественное выравнивание аминокислотных последовательностей продукта, закодированного данным геном.

2.4.Смоделируйте белковые структуры всех вариаций и установите в них

структурно-функциональные домены.

3 In vitro часть. Предложите протокол процедуры для изучения вариативности выбранного гена в популяции.

4 Опишите какую роль гены глиоксилатного цикла играют в жизнедеятельности организмов, как можно использовать вариативность данных генов в селекции устойчивости растений.

Ссылки:

• Национальный портал биотехнологической информации https://www.ncbi.nlm.nih.gov
• База данных «гены» https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
• База данных «геномы» https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome
• Сервис «Blast» https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
• Онлайн сервис множественного выравнивания последовательностей https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
• Офлайн программа множественного выравнивания последовательностей https://www.megasoftware.net/
• Моделирование вторичной структуры белка http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred
• Моделирование третичной/четвертичной структур белка https://swissmodel.expasy.org/
• Поиск мотивов и структурных доменов у белка проводился с помощью Scan-Protsite (https://prosite.expasy.org/scanprosite/) или CDD (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd)